SMA Joseph Khatulistiwa sudah memiliki sarana dan prasaran sekolah yang bagus. Ini bisa dilihat dari fasilitas yang ada di sekolah, seperti:
- Memiliki gedung sekolah yang besar dan permanen
- Memiliki ruang kelas yang luas dan nyaman
- Perpustakaan yang lengkap
- Memiliki aula atau tempat pertemuan yang luas
- Memiliki laboratorium komputer yang lengkap sudah tersambung jaringan internet
- Kantin yang luas dan nyaman
- Lapangan olah raga yang luas
